Un des objectifs du SAGEBA est la restauration de la continuité écologique des cours d’eau en particulier l’Automne. La continuité écologique correspond à la libre circulation des poissons et au transit des sédiments dans un cours d’eau. En 2018, un diagnostic de la continuité écologique a débuté en basse Automne mené par le bureau d’étude SUEZ Consulting. Le secteur de la basse Automne compte 5 moulins pouvant perturber la continuité écologique dans ce secteur clé proche de l’Oise. En effet, le rétablissement de la continuité écologique en basse Automne permettrait de décloisonner l’Automne sur une grande partie de son linéaire depuis l’Oise et ainsi permettre la circulation de certains poissons migrateurs (Alose, Saumon).