Le SAGEBA porte ou accompagne la mise en oeuvre de plusieurs programmes d’actions :
- Plan Pluriannuel d’Entretien et de Restauration des cours d’Eau : Programme intégralement supporté par le SAGEBA, il cible l’ensemble des actions programmées sur les cours d’eau en termes d’entretien (en substitution des propriétaires riverains) et de restauration (permettant l’amélioration de la qualité des rivières).
- Le Contrat Global (achevé en décembre 2017) : Programme multi-acteurs regroupant un ensemble d’actions visant à améliorer la qualité des masses d’eau.
- BAC d’Auger-Saint-Vincent : Programme spécifique à l’Aire d’Alimentation des Captages, visant à améliorer la qualité de l’eau de ces forages d’eau potable.
Actuellement, un Contrat Territorial Eau & Climat est en cours de préparation : successeur du contrat global, il cible les maitres d’ouvrage porteurs des compétences assainissement et gestion des milieux aquatiques pour réaliser les actions les plus pertinentes pour l’amélioration des masses d’eau. Son entrée en vigueur est prévue au 1er janvier 2020.